COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-15 17:00:00 25.538642 25.538642 21.202562
2021-03-14 17:00:00 20.723348 20.723348 20.933088
2021-03-13 17:00:00 21.032499 21.032499 20.711016
2021-03-12 17:00:00 22.719496 22.719496 20.460935
2021-03-11 17:00:00 19.991746 19.991746 20.297971
2021-03-10 17:00:00 18.528103 18.528103 20.060002
2021-03-09 17:00:00 18.234952 18.234952 19.759986

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-15 17:00:00 19.375736 19.375736 16.380346
2021-03-14 17:00:00 13.243132 13.243132 16.180766
2021-03-13 17:00:00 14.821677 14.821677 16.224393
2021-03-12 17:00:00 27.379054 27.379054 16.183266
2021-03-11 17:00:00 19.029734 19.029734 16.408410
2021-03-10 17:00:00 12.375250 12.375250 16.683444
2021-03-09 17:00:00 10.042965 10.042965 16.578164

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-15 17:00:00 15.914489 15.914489 16.559803
2021-03-14 17:00:00 18.434783 18.434783 16.458552
2021-03-13 17:00:00 20.176730 20.176730 16.393286
2021-03-12 17:00:00 15.807175 15.807175 16.348173
2021-03-11 17:00:00 15.680166 15.680166 16.340264
2021-03-10 17:00:00 14.411028 14.411028 16.292243
2021-03-09 17:00:00 16.077739 16.077739 16.164611

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-15 17:00:00 12.971985 12.971985 11.022350
2021-03-14 17:00:00 14.734774 14.734774 10.790927
2021-03-13 17:00:00 11.307566 11.307566 10.601990
2021-03-12 17:00:00 11.923378 11.923378 10.376401
2021-03-11 17:00:00 12.861137 11.035479 10.157642
2021-03-10 17:00:00 10.703480 10.703480 9.950231
2021-03-09 17:00:00 6.699640 6.699640 9.635756

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-15 17:00:00 25.372303 37.251218 20.574667
2021-03-14 17:00:00 18.928737 18.928737 19.995806
2021-03-13 17:00:00 17.786920 17.786920 19.733655
2021-03-12 17:00:00 23.473011 23.473011 19.362075
2021-03-11 17:00:00 17.080158 17.080158 19.032513
2021-03-10 17:00:00 19.677022 19.677022 18.674850
2021-03-09 17:00:00 19.347236 19.347236 18.463285

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-15 17:00:00 69.031311 39.805346 37.853037
2021-03-14 17:00:00 38.135486 38.135486 37.780352
2021-03-13 17:00:00 39.207868 39.207868 37.968765
2021-03-12 17:00:00 45.635910 39.204620 38.061120
2021-03-11 17:00:00 39.913019 39.913019 37.693880
2021-03-10 17:00:00 30.563041 30.563041 37.462473
2021-03-09 17:00:00 43.075013 32.720415 37.310672

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-15 17:00:00 25.945241 25.945241 21.888880
2021-03-14 17:00:00 18.431492 18.431492 21.868715
2021-03-13 17:00:00 23.164803 23.164803 21.810620
2021-03-12 17:00:00 20.450716 20.450716 21.728434
2021-03-11 17:00:00 21.973392 21.973392 21.559434
2021-03-10 17:00:00 22.795472 22.795472 21.423171
2021-03-09 17:00:00 22.964670 22.964670 21.085521

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-15 17:00:00 15.430983 7.053637 7.681198
2021-03-14 17:00:00 8.408353 8.408353 7.614030
2021-03-13 17:00:00 8.648228 8.648228 7.511888
2021-03-12 17:00:00 7.985638 7.985638 7.435025
2021-03-11 17:00:00 7.791870 7.791870 7.425814
2021-03-10 17:00:00 7.356997 7.356997 7.385049
2021-03-09 17:00:00 7.152854 7.152854 7.296449

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-15 17:00:00 18.701700 9.280920 12.001714
2021-03-14 17:00:00 15.696822 15.696822 12.088755
2021-03-13 17:00:00 11.677444 11.677444 12.005230
2021-03-12 17:00:00 14.376771 14.376771 12.016491
2021-03-11 17:00:00 13.115285 13.115285 12.104008
2021-03-10 17:00:00 11.728395 11.728395 12.149989
2021-03-09 17:00:00 9.590101 9.590101 12.187726

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-15 17:00:00 29.972565 29.972565 34.593322
2021-03-14 17:00:00 33.177677 33.177677 34.416311
2021-03-13 17:00:00 36.891909 36.891909 34.387966
2021-03-12 17:00:00 37.836858 37.836858 34.195164
2021-03-11 17:00:00 34.705987 34.705987 33.965882
2021-03-10 17:00:00 32.687759 32.687759 33.762359
2021-03-09 17:00:00 35.790027 35.790027 33.718761

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-15 17:00:00 33.173461 11.202591 19.977667
2021-03-14 17:00:00 16.979052 16.979052 20.375513
2021-03-13 17:00:00 26.448030 26.448030 20.473225
2021-03-12 17:00:00 24.461237 24.461237 20.688593
2021-03-11 17:00:00 21.284955 21.284955 20.927948
2021-03-10 17:00:00 18.840890 18.840890 20.797960
2021-03-09 17:00:00 10.620136 21.190058 20.206739

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-15 17:00:00 10.493827 2.298851 8.036367
2021-03-14 17:00:00 6.280193 6.280193 8.107292
2021-03-13 17:00:00 13.282248 13.282248 8.129043
2021-03-12 17:00:00 8.488372 8.488372 8.598323
2021-03-11 17:00:00 12.068966 12.068966 8.679280
2021-03-10 17:00:00 6.762468 10.217114 8.796808
2021-03-09 17:00:00 5.442177 3.210702 8.758844

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-15 17:00:00 22.413793 280.172414 67.955970
2021-03-14 17:00:00 52.551020 52.551020 63.226451
2021-03-13 17:00:00 58.653846 58.653846 65.109499
2021-03-12 17:00:00 54.646840 54.646840 64.510818
2021-03-11 17:00:00 66.123779 66.123779 63.485080
2021-03-10 17:00:00 52.722772 52.722772 63.517143
2021-03-09 17:00:00 81.651376 81.651376 64.595472

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-15 17:00:00 28.260870 28.260870 58.310510
2021-03-14 17:00:00 61.486486 61.486486 58.462637
2021-03-13 17:00:00 71.556886 71.556886 58.317344
2021-03-12 17:00:00 68.872549 68.872549 58.428439
2021-03-11 17:00:00 72.834646 72.834646 58.574200
2021-03-10 17:00:00 64.490446 64.490446 58.228361
2021-03-09 17:00:00 28.063241 28.063241 57.718073

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-15 17:00:00 37.174563 17.697856 19.997508
2021-03-14 17:00:00 23.423148 23.423148 20.087186
2021-03-13 17:00:00 20.715794 20.715794 19.984155
2021-03-12 17:00:00 28.531073 19.657121 20.158501
2021-03-11 17:00:00 21.996969 21.996969 20.698849
2021-03-10 17:00:00 22.144374 22.144374 20.801838
2021-03-09 17:00:00 19.120713 19.120713 20.744941

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-15 17:00:00 24.791956 26.873273 30.141148
2021-03-14 17:00:00 58.254628 58.254628 30.576151
2021-03-13 17:00:00 29.010239 29.010239 30.544564
2021-03-12 17:00:00 28.808055 28.808055 30.379315
2021-03-11 17:00:00 28.546471 28.546471 30.409572
2021-03-10 17:00:00 23.201890 23.201890 30.286301
2021-03-09 17:00:00 21.617079 21.617079 29.534672

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-15 17:00:00 7.177498 3.584403 4.815329
2021-03-14 17:00:00 6.406080 5.736509 4.819978
2021-03-13 17:00:00 4.956689 4.956689 4.784700
2021-03-12 17:00:00 4.535730 4.535730 4.713976
2021-03-11 17:00:00 6.037736 6.037736 4.685996
2021-03-10 17:00:00 3.137066 3.137066 4.637359
2021-03-09 17:00:00 7.097715 7.097715 4.552315

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-15 17:00:00 11.451719 11.451719 13.093506
2021-03-14 17:00:00 14.359335 14.359335 13.092699
2021-03-13 17:00:00 12.940474 12.940474 13.086926
2021-03-12 17:00:00 13.070260 13.070260 13.038970
2021-03-11 17:00:00 13.686354 13.686354 12.998672
2021-03-10 17:00:00 13.587488 13.587488 12.881265
2021-03-09 17:00:00 13.452408 13.452408 12.809053

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-15 17:00:00 17.494464 11.142121 10.894188
2021-03-14 17:00:00 11.927612 11.927612 10.807486
2021-03-13 17:00:00 11.246819 11.246819 10.723547
2021-03-12 17:00:00 10.897543 10.897543 10.621862
2021-03-11 17:00:00 9.880853 9.880853 10.515373
2021-03-10 17:00:00 10.227003 10.227003 10.374163
2021-03-09 17:00:00 8.704348 11.008696 10.250184

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-15 17:00:00 43.708609 24.325782 25.356028
2021-03-14 17:00:00 30.963303 30.963303 25.430404
2021-03-13 17:00:00 24.257426 24.257426 25.536411
2021-03-12 17:00:00 21.303502 21.303502 25.854537
2021-03-11 17:00:00 28.818737 28.818737 26.099318
2021-03-10 17:00:00 25.583405 25.583405 26.220612
2021-03-09 17:00:00 19.446773 19.446773 26.876612

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-15 17:00:00 65.454545 65.454545 16.904319
2021-03-14 17:00:00 18.784530 18.784530 15.172908
2021-03-13 17:00:00 11.923077 11.923077 13.671360
2021-03-12 17:00:00 23.728814 23.728814 13.177005
2021-03-11 17:00:00 16.019417 16.019417 12.545026
2021-03-10 17:00:00 6.825939 6.825939 11.743876
2021-03-09 17:00:00 4.371585 4.371585 11.107947

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-15 17:00:00 26.791972 30.911378 31.889073
2021-03-14 17:00:00 34.313514 34.313514 32.083514
2021-03-13 17:00:00 35.537300 30.456656 32.023373
2021-03-12 17:00:00 34.810811 28.126126 32.254803
2021-03-11 17:00:00 31.084337 31.084337 32.542818
2021-03-10 17:00:00 31.592795 31.592795 32.737429
2021-03-09 17:00:00 28.832706 28.832706 32.793097

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 19.375736 19.375736 16.380346
Basilicata 15.914489 15.914489 16.559803
Calabria 12.971985 12.971985 11.022350
Campania 25.372303 37.251218 20.574667
Emilia-Romagna 69.031311 39.805346 37.853037
Friuli Venezia Giulia 25.945241 25.945241 21.888880
Lazio 15.430983 7.053637 7.681198
Liguria 18.701700 9.280920 12.001714
Lombardia 29.972565 29.972565 34.593322
Marche 33.173461 11.202591 19.977667
Molise 10.493827 2.298851 8.036367
P.A. Bolzano 22.413793 280.172414 67.955970
P.A. Trento 28.260870 28.260870 58.310510
Piemonte 37.174563 17.697856 19.997508
Puglia 24.791956 26.873273 30.141148
Sardegna 7.177498 3.584403 4.815329
Sicilia 11.451719 11.451719 13.093506
Toscana 17.494464 11.142121 10.894188
Umbria 43.708609 24.325782 25.356028
Valle d'Aosta 65.454545 65.454545 16.904319
Veneto 26.791972 30.911378 31.889073

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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